De oudste afbeelding van het hof vind je op de kaart van F.R. Horenbault (1560-1576) van de dorpen langs de Moervaart. Op deze afbeelding kan je de brug aan de Heirweg over de Oostvaart zien, waar twee radaren van een sluis staan. Rechts daarvan zie je een gebouw met zadeldak, evenwijdig aan de Heirweg. De dwarsgevels zijn uitgewerkt als trapgevels. Het is mogelijk dat deze afbeelding de zuidvleugel van het hof toont.
Het hof van Koudenborm, beschreven in geschriften als Hof De Fonteyne, is een vroegere bezitting van de verdwenen Cisterciënzersabdij Boudelo in Klein-Sinaai (Stekene). De eerste vermelding van dit gebouw is terug te vinden in 1560 als hofstede “De Fontyene”. Het toponiem “Fontein” vindt zijn oorsprong in de christelijke symboliek. In de literatuur spreekt men over de bouw van de zuidvleugel in de 16de eeuw. De afmetingen van de bakstenen zijn echter ook verenigbaar met een datering uit de 15de eeuw.
De ruïne van het hof bestaat uit resten van een kleine noordvleugel uit de 17de eeuw met daarachter een grote zuidvleugel die minstens uit de 16de eeuw dateert. Tussen de twee vleugels staan de overblijfselen van een vierkante traptoren. Aan de straatzijde wordt de ruïne afgesloten door een lage bakstenen muur met de resten van een poort (hekpijler).
Op 8 augustus 1578 plunderen Gentse Calvinisten het klooster en vlucht abt Del Rio naar Keulen. Het klooster en veel andere hofsteden in Moerbeke-Waas werden bij de gruwelen geplunderd en in brand gestoken.
In verschillende landboeken wordt gesproken over de “afgebrande erve”. Deze vermelding wijst erop dat Koudenborm, de wijk die het dichtste bij de abdij lag, niet ontsnapte aan de plunderingen.
Het is echter een fabel dat het klooster in Klein-Sinaai volledig verwoest werd door de plunderaars. In het archief van de abdij van Boudelo komen verschillende rekeningen voor die het tegendeel bewijzen. Uit deze boeken wordt duidelijk dat het klooster afgebroken werd of verkocht voor afbraak. Via openbare verkopen werden verschillende gebouwen van de abdij verkocht. Zo heeft de toenmalige eigenaar Joos Vale van hofstede “de fonteyne” in 1585 afbraakmaterialen van de abdij gebruikt om zijn hofstede te herstellen of te verbouwen.
Na een vrijwel totale verwoesting, werd Koudenborm in 1676 wel heropgebouwd. Aan de westkant hangen muurankers met het jaartal “1676” die verwijzen naar deze heropbouw. In 1761 was de familie Martens eigenaar van het hof. Als houthandelaars hadden zij ook een ertvelderschip dat diende om hout en andere goederen te vervoeren langs de Moervaart. De aankoop van een hofstede vlakbij de Moervaart was een enorm voordeel voor de familie.
In de tweede helft van de 18de of het begin van de 19de eeuw werd ten oosten van de lange zuidvleugel een groot vierkant gebouw met poort opgetrokken, aansluitend met een omheiningsmuur aan de Heirweg. In het zuidwesten, aan de Oostvaart, werd een kleine stal gebouwd. Het oostelijke deel van de zuidvleugel werd verbouwd tot schuur en wagenhuis.
Het grote vierkante gebouw met de poort aan de Heirweg werd vóór 1925 afgebroken. Vanaf 1930 werd het hof niet meer bewoond. Een deel van de gebouwen werd gebruikt als stal terwijl op de onbebouwde delen van het terrein aan zandwinning werd gedaan.
In 1930 stortte de oostelijke trapgevel van de zuidvleugel in waarna deze met hergebruik van de bakstenen als een puntgevel werd heropgebouwd. Op 23 februari 1979 werd het hof van Koudenborm beschermd als monument omwille van de historische en artistieke waarde. Op 8 maart stortte het gebouw echter in waarop de site aangekocht werd door de gemeente Moerbeke. De gemeente blijft tot op de dag van vandaag eigenaar van het monument.
Van 1993 tot 1995 werden archeologische opgravingen uitgevoerd onder leiding van Alfons De Belie (1926-2013), bezieler van de opgraving (1971-1986) van de vlakbij gelegen Boudeloabdij. Ondanks verstoringen door zandwinning in de 19de en 20ste eeuw bevatte de ondergrond nog diverse archeologische sporen.
